1.1. Keskmuuseumid

Eesti Ajaloomuuseum

Eesti Arhitektuurimuuseum

Eesti Kunstimuuseum

Eesti Meremuuseum

Eesti Rahva Muuseum

Eesti Spordimuuseum

Eesti Teatri- ja Muusikamuuseum

Eesti Tervishoiumuuseum

Eesti Vabaõhumuuseum

Eesti Loodusmuuseum (Keskkonnaministeeriumi haldusalas)

Eesti Põllumajandusmuuseum (Põllumajandusministeeriumi haldusalas)

Laidoneri Muuseum (Kaitseministeeriumi haldusalas)

1.2. Riigimuuseumid

Eesti Tarbekunsti- ja Disainimuuseum

Tartu Kunstimuuseum

Rannarootsi Muuseum (Lääne Maavalitsuse haldusalas)

1.3. Maakonnamuuseumid (riigimuuseumid maakonnamuuseumi ülesannetes)

Harjumaa Muuseum

Hiiumaa Muuseum

Iisaku Muuseum

Järvamaa Muuseum

Läänemaa Muuseum

Mahtra Talurahvamuuseum

Palamuse Oskar Lutsu Kihelkonnamuuseum

Põlva Talurahvamuuseum

Pärnu Muuseum

Saaremaa Muuseum

Tartumaa Muuseum

Valga Muuseum

Viljandi Muuseum

Võrumaa Muuseum 

1.4. Teiste ministeeriumide, ametite ja riigiasutuste alla kuuluvad muuseumid

Eesti Pank - Eesti Panga Muuseum
Eesti Politsei - Eesti Politseimuuseum
Eesti Post - Eesti Postimuuseum
Põllumajandusministeerium - C. R. Jakobsoni Talumuuseum, Eesti Piimandusmuuseum
Siseministeerium - Eesti Tuletõrjemuuseum
Maanteede Amet - Eesti Maanteemuuseum

1.5. Riigi osalusega sihtasutused (SA) 

SA Virumaa Muuseumid (maakonnamuuseumi ülesannetes)

SA Anton Hansen Tammsaare Muuseum Albus

2. AVALIK-ÕIGUSLIKU JURIIDILISE ISIKU MUUSEUMID

Eesti Pedagoogika Arhiivmuuseum

Tartu Ülikooli Muuseumid

3. KOHALIKU OMAVALITSUSE MUUSEUMID

4. ERAMUUSEUMID